最近出现的H5N1亚型禽流感病毒在家禽中广泛散布，而鸭子更被视为此病毒的天然宿主。早期的研究显示，鸭子能在毫无症状的情况下传播流感病毒。李宁和他的研究团队对一只北京雌性鸭子做出了基因测序。他们首次构建了雁形目全基因组序列精细图谱、高密度结构变异图谱和基因图谱，为家禽全基因组选择与关联分析提供了新资源，带动了水禽功能基因研究进入组学时代。
　　
　　据李宁介绍，科研团队用2年时间“读出”鸭基因组序列，之后用3年时间“懂得”基因。他们鉴定了许多新基因、特异性扩增基因、受适应性选择的基因和显著扩增的基因家族，解释了鸟类适应性计划的分子机理。同时首次鉴定鸭免疫基因，发现β-防御素基因扩增能提高鸭抗病原物的免疫应答效率，这将推动家禽抗病分子机理的研究，加速家禽抗病品系的培育，让基因在“读”与“懂”之后能再应用。
　　
　　另外，研究人员还构建了感染H5N1病毒肺组织基因图谱，鉴定了119个抗流感免疫相关候选基因，揭示了家禽抗病的分子机理，让“家禽抗流感”成为可能。研究人员在论文中揭示了禽类特异IFIT基因分子作用机理，阐明了哺乳类与鸟类在抗流感免疫机制的差异，这一发现让人类在防治禽流感的道路上又迈出一步。