新规的制定，对于整个有机行业来说，无疑是件好事，但确保新规切实得到执行，除了依靠企业自律，加强监管外，体制设计更需进一步完善。

继今年5月31日，中国广播网发表了《有机食品市场乱象丛生评:”高门槛”更需”严管理”》之后，6月4日，《中国企业报》又刊文《有机食品乱象：“自证清白”暴管理黑洞》，两篇文章都直指有机产品认证机构的设计存在制度上问题。新华网、中国网，以及环球网、21世纪网、中财网、新浪网、和讯网等分别转载了上述两篇文章，所反映的主要问题如下：

目前全国有机产品认证资格的23家机构分三种：一种是农业部下属，一种挂靠大学科研名下，还有一种属民营类。这些认证机构大多底气不足，他们的生存要靠有机企业缴纳认证费用，处于一种“既是裁判员，又靠运动员养着”的尴尬处境。此外，目前对有机食品的检查普遍采取“自证清白”的方式，即检查时有机食品企业需证明自己“没问题”。而我国有机生产缺乏过硬技术，诚信意识差的企业往往铤而走险，使用违禁农药、化肥等代替。

另一方面，有机产品认证机构背景复杂，不乏农业部、环保部等各部委的背景。虽然他们都归国家质量监督检验部门下属国家认监委统管，并委托各地质量技术监督部门和进出口检验检疫部门分管，但“查出认证机构有问题后，部门之间不买账。还有，在检查完有机食品企业发现有问题后，检查人员还没回去，相关的公关电话就打过来了。事情最后的结果，往往是不了了之，搞得检查人员很是被动和气馁。”“认证机构的设计有制度上的问题。”中国企业报如此引述业内人士的看法。